중소기업 취업자 소득세 감면, 청년 90%·연 200만원 한도 계산

2026년 적용 기준으로 감면대상 중소기업에 취업한 청년은 취업일부터 5년간 소득세의 90%, 그 밖의 고령자·장애인·경력단절 근로자는 3년간 70%를 감면받습니다. 다만 한 과세기간의 감면 한도는 200만원이며 회사에 신청서를 내야 합니다.

회사 규모가 작다는 이유만으로 자동 적용되는 제도는 아닙니다. 근로자의 취업일·나이와 회사의 업종을 함께 통과해야 하고, 감면액은 급여가 아니라 그 회사에서 발생한 근로소득에 대한 소득세를 기준으로 계산합니다.

청년 90%와 연 200만원 한도는 이렇게 계산한다

감면 전 해당 중소기업 근로소득의 산출세액이 1년간 300만원이라고 가정하면 90%는 270만원입니다. 그러나 연간 한도 200만원이 먼저 막으므로 실제 감면 가능액은 200만원입니다. 반대로 산출세액이 150만원이면 90%인 135만원이 한도보다 작아 135만원이 계산 출발점입니다.

청년 단순 계산: 해당 근로소득 소득세 × 90%, 단 과세기간별 최대 200만원

감면 전 소득세	90% 산식	한도 적용 뒤
120만원	108만원	108만원
220만원	198만원	198만원
300만원	270만원	200만원

월급의 90%를 돌려주는 제도가 아니며, 지방소득세까지 같은 표의 숫자로 단정해서도 안 됩니다. 중도 입사·퇴사, 다른 근무지 소득, 원천징수 조정이 있으면 회사의 연말정산 계산에서 최종 세액을 확인해야 합니다.

대상 근로자는 취업일 기준으로 나눈다

구분	취업일 기준 핵심 요건	기간·감면율
청년	근로계약 체결일 현재 15~34세	5년·90%
60세 이상	근로계약 체결일 현재 60세 이상	3년·70%
장애인	장애인복지법 적용 장애인 등 법정 범위	3년·70%
경력단절 근로자	같은 기업 1년 이상 근무 뒤 결혼·임신·출산·육아·자녀교육·가족돌봄 사유로 퇴직하고 2~15년 안에 재취업하는 등 요건	3년·70%

청년 나이를 계산할 때 병역을 이행했다면 그 기간을 현재 연령에서 빼되 최대 6년까지만 차감합니다. 예를 들어 취업일 현재 만 36세이고 인정되는 군복무가 2년이면 감면 나이 판단에서는 만 34세로 볼 여지가 있습니다. 실제 입대·전역일 자료를 회사에 제출해 일수 기준을 확인해야 합니다.

제외 확인: 임원, 최대주주·최대출자자와 그 배우자·자녀 등 특수관계인은 대상에서 빠질 수 있습니다. 일용근로자와 일부 보험 미가입자 등 법정 제외 범위도 회사가 확인해야 합니다.

회사도 감면대상 업종을 영위해야 한다

중소기업기본법상 중소기업이라는 사실과 조세특례제한법 시행령의 감면대상 업종을 주된 사업으로 한다는 조건을 둘 다 확인합니다. 사업자등록증의 상호나 직원 수만 보고 결론 내리면 안 됩니다. 국세청 안내는 2025년 2월 28일 이후 취업자부터 통관업, 가상자산 매매·중개업, 수의업, 부동산 임대업을 제외 업종으로 안내합니다.

회사가 여러 업종을 함께 한다면 주된 사업을 한국표준산업분류에 따라 판단합니다. 프랜차이즈 본사와 가맹점, 플랫폼과 실제 서비스업처럼 겉으로 비슷해 보여도 업종코드가 다를 수 있으므로 회사의 세무 담당자에게 적용 업종과 중소기업확인 자료를 요청하는 편이 안전합니다.

신청은 근로자에서 회사, 회사에서 세무서 순서다

근로자는 중소기업 취업자 소득세 감면신청서를 작성해 회사에 제출합니다.
청년이면 주민등록 정보와 병역기간 증빙으로 취업일 현재 나이를 확인합니다.
회사는 근로자 요건과 업종을 검토한 뒤 감면명세서를 관할 세무서에 제출합니다.
급여명세서와 연말정산 결과에서 감면 시작일, 종료일, 누계 감면액을 확인합니다.
이직했다면 새 회사가 이전 감면 이력과 남은 기간을 이어서 계산하는지 확인합니다.

감면기간은 신청서를 늦게 냈다고 새로 5년이 시작되는 구조가 아닙니다. 법정 취업일을 중심으로 진행되므로 과거 연도 누락이 있다면 회사와 세무서에 경정청구 가능 기간과 서류를 별도로 확인해야 합니다.

연말정산 전에 확인할 세 가지

취업일 현재 나이와 군복무 차감 뒤 나이가 맞는가
회사가 감면대상 중소기업·업종에 해당한다고 확인했는가
감면율보다 먼저 연 200만원 한도와 실제 산출세액을 비교했는가

실수 방지: 회사가 원천징수 단계에서 반영하지 않았다고 곧바로 대상이 아니라고 단정하지 마세요. 신청서·감면명세서 제출 상태와 연말정산 반영 여부를 각각 확인해야 합니다.

이직·퇴사·신청 지연 때는 감면기간을 다시 세지 않는다

감면기간은 중소기업에 취업한 날부터 흐릅니다. 감면대상 중소기업 A사에서 2년을 근무한 뒤 대상 중소기업 B사로 옮겼다고 해서 다시 5년이 생기는 것은 아닙니다. 경력 중 대상이 아닌 대기업이나 제외 업종에서 근무한 공백이 있더라도 최초 감면 시작일부터 정해진 기간이 계속 지나가는 구조인지 기존 명세와 새 회사의 적용내역을 대조해야 합니다.

퇴사 뒤 연말정산을 마쳤거나 회사가 신청을 누락했다면 홈택스 지급명세서, 원천징수영수증, 근로계약서와 중소기업 취업자 감면신청서 사본을 모읍니다. 그다음 회사에 수정 제출 가능 여부를 먼저 확인하고, 이미 신고가 끝난 연도는 관할 세무서에 경정청구 대상과 기한을 문의합니다. 환급 예상액은 원천징수된 금액 전체가 아니라 해당 중소기업 근로소득에 배분되는 결정세액과 연 200만원 한도 안에서 다시 계산됩니다.

감면 대상이라고 해도 급여명세서 환급액은 달라질 수 있다

매월 원천징수는 연간 최종세액을 미리 나눠 걷는 과정입니다. 회사가 월별로 감면을 반영하면 월 원천징수액이 줄고, 연말정산 때 한꺼번에 반영하면 환급으로 보일 수 있습니다. 두 방식은 시점이 다를 뿐 최종 결정세액에서 같은 감면이 중복 적용되는 것은 아닙니다.

연봉이 같아도 부양가족, 신용카드·보험료·연금계좌 세액공제, 중도 입사와 상여금에 따라 감면 전 결정세액이 다릅니다. 예를 들어 다른 공제로 이미 결정세액이 0원이면 90%라는 감면율만으로 추가 현금 200만원을 받지는 못합니다. 반대로 결정세액이 충분히 커도 과세기간별 200만원을 넘는 부분은 감면되지 않습니다.

실제 절감액 확인 순서: 감면 전 결정세액 → 해당 중소기업 근로소득 배분 → 감면율 적용 → 연 200만원 한도 → 이미 원천징수한 세액과 정산

마지막으로 회사가 발급한 원천징수영수증의 감면세액과 감면기간을 다음 해 자료와 이어서 보관하면 이직 때 중복·누락을 줄일 수 있습니다.

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확인한 공식 자료

확인 기준일: 2026년 8월 27일. 실제 세액·대출 승인·복지급여는 개인별 소득·재산·계약과 심사 결과에 따라 달라질 수 있습니다.

작성·검수: SEEDROOM 편집팀 · 최종 수정일 2026년 8월 27일